Neben der Versorgung hat natürlich auch die Entsorgung einen nicht minder hohen Stellenwert. Der Reinhalteverband Oberndorf und Umgebung ist neben der Wartung des Leitungsnetzes auch für die Betreuung der Kanalanlagen, das heißt der Fäkal- und Regenwasserkanäle sowie der Kanalpumpwerke und die Reparatur der Rohranlagen verantwortlich.
In den vergangenen Jahren ist im Bereich Hochwasserschutz für Altoberndorf viel geschehen. So wurde zum Beispiel im Juni 2011 das Schneckenpumpwerk im Bereich Watzmannstraße/Alte Landstraße in Betrieb genommen, welches im Ereignisfall bis zu 4.600 l/s über die Dammkrone fördern kann.
Weiters wurde im Jahr 2014 die Vakuum-Kreiselpumpe im Stille-Nacht-Bezirk errichtet und im Bereich der Schneckenpumpe ein Notstromaggregat installiert. Im Frühjahr 2018 wurde das Pumpwerk Sausenk errichtet und in Betrieb genommen. Die Wartung und Betreuung solcher technischer Anlagen ist aufwändig und fällt ebenfalls in den Zuständigkeitsbereich des Reinhalteverbandes.